A la mi-1942, le Koku Hombu lança un programme pour un intercepteur lourdement armé pour combattre à haute altitude. De nombreux constructeurs ont répondu au programme de l'Armée Impériale, et notamment Mansyu.
La firme japonaise présenta un appareil à moteur propulsif ainsi que deux poutres portant l'empennage. L'appareil prit la désignation de Ki-98. Mansyu décida de monter le moteur le plus puissant à disposition, le Mitsubishi Ha-211RU de 2200ch. Le Ki-98 était armé d'un canon Ho-207 de 37mm et de deux canons Ho-5 de 20mm situés dans le nez de l'appareil. Aucun autre armement ne fut mis en place dans les ailes ou dans les poutres.
La maquette en bois à grandeur réelle de l'appareil fut terminée à la fin 1943, mais pour diverses raisons, le prototype fut entamé seulement au début de 1945. A cause de nombreuses modifications en cours de fabrication, le prototype avança lentement.
Lorsque le 8 août 1945 les soviétiques envahirent la Mandchoukouo (Mandchourie), les dirigeants de Mansyu détruirent tous les éléments du Ki-98 pour ne pas qu'il tombe aux mains de l'ennemi. Les concurrents du Ki-98, le Mitsubishi Ki-99, le Mitsubishi Ki-118 et le Nakajima Ki-101 ne furent pas plus avancés à la fin de la guerre.